Bienvenid@
Sucede que el formato flv no es compatible con editores de video (normales)... Primero debes pasar a un formato editable tipo mpeg, hay un post donde se esta tocando ese tema, te puede servir a comprender el cómo y por qué de ese formato.
http://www.forosdelweb.com/f3/pasar-swf-avi-mpeg-etc-491902/