Hola:
En java no se puede limpiar la pantalla de consola.
Una solución es escribir muchas líneas en blanco, de forma que todo se va hacia arriba y el cursor queda abajo del todo.
Otra solución, aunque puede que no funcione siempre, depende de cómo esté configurada la consola, es usar
códigos ansi.
Finalmente, también se puede llamar a cls (windows) o clear(unix) del sistema operativo con Runtime.getRuntime().exec("clear"), pero esto sería particular para un sistema operativo concreto.
Se bueno.