Bueno... el tema de tablas y capas esta muy discutido por todos lados.
Lo que han comentado que cuando maquetas en capas es normal que se desproporcione.........
(no digo nada)
Lo que dicen de que si maquetas en tablas no eres diseñador..........
(no digo nada tampoco).
Y respondiendo al tema, te aseguro que si defines las capas en px nunca se te descolocaran (bueno tampoco es tan correcto lo que acabo de decir.
En definitiva, utiliza tamaños fijos en pixeles y te ahorraras comederos de cabeza.