Servidor de ficheros

[Spyder_DJ]

Tengo que crear una pagina web y estoy bastante perdido, basicamente porque no tengo npi.
Os comento en lo que consistiria la web.
La empresa donde estoy vende minutos de llamadas y lineas de telefono a los locutorios y todos los dias Telefonica nos manda las llamadas de esas lineas. La persona que se encarga de esto coje estos ficheros y los pasa por un programa el cual crea un archivo con las llamadas de cada cliente y las mete en una carpeta de cada cliente tambien. Estos ficheros diarios los mandan por correo a los clientes y es bastante molesto/engorroso mandar todos estos ficheros uno a uno con lo que esta persona tarda una hora todas las mañanas en hacerlo.
Lo que me ha propuesto el jefe, seria una web donde el cliente llega introduce sus datos (usuario y contraseña) y carga una pagina con los ficheros de las llamadas (previamente subidos por ftp claro).
El servidor que tengo para poner la web tiene mysql y corre bajo linux y por consiguiente apache y php.
Una vez se esto, esta claro es que tengo que desarrollar con PHP y MySQL pero lo que os quiero preguntar sabiendo esto, a groso modo como lo hariais?? , es decir si conoceis algun tipo de paginas-plantillas como PHP-Nuke, osCommerce,Joomla!,etc para hacer esto de una manera mas facil y no empezar de 0??