Conozco 2 librerias JS muy completas y conocidas, y queria saber cual usa mas la gente.
Yo personalmente utilizo en el trabajo y en casa Prototype (junto a Scriptaculous).
Dado que Prototype y Mootools tienen ya sus propios Cores definidos, tengo entendido que no son compatibles entre sí, que no se pueden usar las 2 en una misma página porque entrarían en conflicto.
Las webs oficiales:
Prototype:
www.prototypejs.org
Mootools:
www.mootools.net