Los comentarios condicionales son solo para el IE, no son una norma.
Solo el IE los interpreta (¡por suerte! sino no servirían de nada), y la forma correcta de usarlos es dejar un código que funcione, agregándole con los comentarios un bloque que "arregle" lo que el IE hace mal.
Código:
<style type="text/css">
.bloque { text-align : center; }
</style>
<!--[if IE]>
<style type="text/css">
.bloque { position:relative; top:400px; }
</style>
<![endif]-->
<div class="bloque">
o,
Código:
<!--[if IE]>
<style type="text/css">
.bloque { position:relative; top:400px; }
</style>
<![endif]-->
<div class="bloque" align="center">
Espero que ahora se haya entendido mejor.
Saludos.