Ejecutar comando linux desde Java

[TolaWare]

Este comando puedes programarlo tu mismo, de hecho te recomiendo que lo hagas vos y no que le digas a bash que lo haga (sobre todo si lo que pretendes con java es lograr independencia de la plataforma).
Puedes usar una biblioteca que maneje archivos comprimidos y luego con la misma biblioteca comprimir el archivo.

El manejo de archivos/directorios también te permite eliminar archivos sin tener que recurrir a la linea de comandos.

En todo caso, podrías probar hacer directamente esto:
Runtime.exec("comando");

No estoy seguro que funcione pero me parece más directo que el Runtime.getRuntime().exec("comando");