Hola!, primero que todo una aclaración: div's no es lo mismo que capas no?. Capas y layers si serían lo mismo, div´s es algo diferente.
En cuanto a tu pregunta, es algo relativo, se han formado muchas discusiones sobre lo mismo, que tan aceptable es maquetar con css que con tablas, por que no maquetar con tablas, cosas por ese estilo.
Soy defensor 100% de estilos y uso tablas para lo que fueron creadas, para tabular datos(me parece que en algún momento he dicho esto, un dejavu!!, jeje
). Entonces te aconsejo, usa cada cosa para lo que fue creada.
Maquetar con css, conlleva a estar en constante evolución, para saber solventar ese tipo de inconvenientes de "acomodación". Mientras que si lo piensas hacer con tablas sufrirás muchos mas inconvenientes que esto, será mas cara la actualización de tu site, mas tiempo, mas pasada, etc, etc, etc.
Por todo y por todo es mas conveniente usar CSS.
Saludos!
