Si no dispones de un editor de video, con el TMPGEnc Express lo puedes hacer:
Cuando añades un clip te abre la ventana de opciones del clip, donde lo puedes editar antes de codificar. En la pestaña de Filters del lado izquierdo aparecen unas herramientas, te vas a Edit filter list (porque no trae por defecto la herramienta de giro), y te aparece una ventana con más opciones de edición, a la derecha arriba aparece la herramienta Picture rotation, la seleccionas y aprietas el botón Add -> Ok, y ya te aparecerá la herramienta en el panel de la izquierda, la seleccionas y ajustas el giro a donde necesites.
Es m´s el lío de dejar visible la herramienta que lo que es el giro en sí...
Otra gratuita que depende del formato de tu video es usando el SUPER habilitando las opciones de Direct Show -> turn Right o Left
Una más con el VirtuaDubMod, en Video -> Filters -> Rotation... (debes conocer la información de tu clip para exportarlo igual, para ello te vas a File-> file information, y revisas el codec y su bitrate... luego en Video -> compresion lo dejas igual, te vas a Fiole -> save as y listo.