Esa es la forma mas facil ... guardar solo el link (referencia) de la ubicacion del archivo en tu BBDD ..
Puedes tambien meter el fichero entero en la BBDD usando campos tipo BLON (no se si lo escribo bien .. no los uso xD) .. ahi almacenas datos en formato Binario .. que luego para sacarlo al navegador tienes que enviar las cabeceras HTTP correspondientes al tipo de archivo q obtienes ...
Si te interesa el tema de meter ficheros binarios en una BBBDD mysql . toma nota:
<a href='ir.asp?http://www.phpbuilder.com/columns/william19990908.php3' target='_blank'>http://www.phpbuilder.com/columns/willia...</a>
(se habla de imagenes -> a la BBDD .. pero la teoria es igual .. solo cambiaria el tema de cabeceras HTTP ...)
Un saludo,