Hola,
tu diseño me parece un poquito esotérico
pero creo que te puede servir si usas clear: del mismo modo que float; por ejemplo:
Código HTML:
<div style="width: 45%; float: left; clear: left;">CAJA 1 </div>
<!-- o si es a la derecha... -->
<div style="width: 45%; float: right; clear: right;">CAJA 1 </div>
También te recomiendo mucho usar el DOM Inspector de Firefox por si algo se te está desalineando.
saludos
