Lo primero, el codigo que tienes ma costao un ojo el ordenarlo, no se porque le tienes tan descolocado con tantos espacios por medio.
Y una ves que le he ordenado lo que veo esque no cierras los <LI> que abres, se supone que cada <LI> que habres le tienes que cerrar cuando terminas con </LI>.
Ejemplo de tu codigo con los </LI>:
Código HTML:
<div id="barra_herramientas">
<ul id="navlist">
<li><input language="javascript" class="imagen_condiciones_comerciales" id="condiciones_comerciales" style="Z-INDEX:101" onclick="window.open('wfrmCondicionesComerciales.aspx',this.ref,'resize=no,menubar=no,width=200,height=200');" type="button"alt="Condiciones comerciales" name="Button1"></li>
<li><input class="imagen_cotizar" id="btnCotizar" style="Z-INDEX: 102" type="button" name="Button1" alt="Cotizar"onclick="Estimar();"></li>
<li><input class="imagen_guardar" id="btnGuardar" style="Z-INDEX: 103" type="button" name="Button1" alt="GuardarCorización"></li>
<li><input class="imagen_imprimir_productor" id="btnImprimirCotizacion" style="Z-INDEX:104" onclick="window.open('wfrmImpresionProductor.aspx', this.target,'menubar=no,resize=yes,height=1000,scrollbars=YES'); return false;" type="button"alt="Imprimir Cotización" name="Button1"></li>
<li><span class="input">
<input class="imagen_imprimir_cliente" id="btnImprimirCliente" style="Z-INDEX: 105" onclick="window.open('wfrmImpresionCliente.aspx',this.target, 'menubar=no,resize=yes,height=1000,scrollbars=YES'); returnfalse;" type="button" name="Button1" alt="Imprimir Cliente"></span></li>
<li><input class="imagen_datos_solicitud" id="btnDatosSolicitud" style="Z-INDEX: 106" type="button" alt="ImprimirCliente" onclick="DisplayDatosSolicitud();" name="Button1"></li>
<li><input class="imagen_enviar_propuesta" id="btnEnviarPropuesta" style="Z-INDEX: 107"type="button" name="Button1"alt="Enviar Propuesta"></li>
</ul>
</div> No te puedo decir esactamente el resultado que deberia de darte, ya que aqui ni estan los CSS ni el JavaScript, pero estoy casi seguro que se te puede descolocar por no cerrar los </LI>