Ya encontré como hacer lo que busco.
En php.ini agregue:
include_path = "unidad:\midirectorio\miaplicacion\micarpeta"
En mis archivos solo pongo:
include_once("archivo.php");
y automaticamente va a buscarlos a la ruta indicada por include_path.
De esta manera puedo hacer los includes desde cualquier carpeta sin tener que indicar la ruta para acceder a mis archivos.
Saludos.