Si te esta saliendo todo despues de 3 segundos puede ser que en tu php.ini tengas implicitamente activado el output buffering y por ende la pagina se queda quieta por 3 segundos y luego lanza la salida.
Necesitas checar que la directiva output_buffering este desactivada y a lo mejor probar algo asi:
Código PHP:
for( $i = 1; $i <= 3; $i++ ) {
echo $i . "<br />";
flush();
sleep( 1 );
}
Saludos.