Intenta con:
Código PHP:
ob_end_flush();
for( $i = 0; $i<3; $i++ ){
echo $i;
ob_flush();
sleep(1);
}
Siempre deshabilito y vuelco antes de usarlo, y uso ob_flush, fijate a ver que te dice con eso y contame.
Edit, a mi me funciono bien:
http://estudiowas.com.ar/testBuffer.php