El iframe contiene una pagina "externa", por lo que los datos que en ella se encuentren no tienen nada que ver con el formulario que envias.
Si la estructura de tu script es:
Código HTML:
<form...>
<iframe...></iframe>
<input..../>
</form>
Pues el script pasara por alto el contenido que se encuentra en la pagina cargada en el iframe, pues forma parte de una pagina distinta a la qe contiene el form.
Un saludo,
