El proyecto web es orientado a objetos? si asi si podes usar UML, ahi te recomiendo el software umbrello, te sirve para diseñar los diagramas uml y ademas tiene una funcionalidad para exportar las clases a varios lenguajes.
Por otro lado para hacer el resto de la documentacion tambien podes usar un programa para hacer el diagrama de base de datos, ahi tenes dbdesigner de fabforce
www.fabforce.net/dbdesigner4/ .
Y despues para el resto de la documentación usa un procesar de texto común.
Saludo, y espero haberte ayudado.