Puedes usar una tabla para colocarlos una al lado de otro, o, y esto es mas recomendable, usar CSS para ello.
Tendría que servirte algo así:
Código HTML:
<div style="width:50%">
aquí un banner
</div>
<div style="width:50%;float:left;">
aquí otro banner
</div>
Para colocarlo donde tú quieras dentro de la página, es siempre mejor seguir el flujo del html y arreglártelas como puedas, en caso de no poder o por otras razones, puedes usar position:absolute, y luego con left, right, top y bottom indicar la posición.