Tendrás que poner algo de código, y mostrar la forma en la que generás los enlaces, si hay javascript involucrado, si siempre se le da el nombre correcto a cada uno de los marcos, etc.
Que yo sepa no existe un fallo similar al que describís en IE, por lo que debe ser un fallo en tu código, en algún punto.
Ahora, cuando decís que "solo sucede en el IE", ¿qué quiere decir eso? ¿en cuántos navegadores lo probaste? (IE y FF no son suficientes para decir que "solo sucede en el IE"
)
Saludos.