Ambas formas son equivalentes, la diferencia entre grabar un DVD de datos y un DVD de vídeo es que en este último el Nero te crea ya las carpetas VIDEO_TS y AUDIO_TS, mientras que en el primero tienes que crearlas tú.
Lo de que no puedas acceder a las otras carpetas es normal, ningún (o casi ningún) reproductor de salón te las va a reconocer, porque en cuanto ven que en el disco hay unas carpetas VIDEO_TS y AUDIO_TS ignoran el resto y reproducen el contenido de vídeo. Como dices, en el PC no hay problemas.
