No es que me quede mucho más claro ahora, pero bueno. Para tu acceder desde el navegador a tu web pones
http://localhost/web ¿verdad?. Pues en tus páginas, si utilizas rutas relativas los enlaces tienen que ir como "formulario.php" o bien como "../web/formulario.php". Desde luego todo lo que pertenezca a esa web tiene que estar en el directorio "web" y no directamente en "htdocs"