Me parece q estas confundidooooooo!
Lo que tu necesitas que sea "rapido" .. es tu motor de Base de datos ..
Mysql es rapido dependiendo del volumen de datos. Tiene sus limitaciones en cuanto a transacciones y algunos otros detalles como la integridad referencial ...
Podrias "si dices q es tan grande" .. irte por otro motor de BBDD como PostgreSQL que soporta integridad referencial, transacciones y es mas robusta como para meterle mucha carga de consultas y datos ...
Sobre el servidor HTTP (web ..) "rapido" .. Apache+PHP es de lo mejor .. si a esto le añades PosgreSQL como BBDD y lo montas sobre un S.O. Linux (FreeBSD dicen q mejor todavia ) .. pues ya estas llegando a la velocidad de la luz
Un saludo,
pd: (que configuracion tenias en mente? .. que sistema operativo .. y etc'¿?