No se tu nivel de PHP por lo que ingual te explico cosas que ya sabes.
PHPMyAdmin carga en esas líneas la información sobre los distintos servidores-usuarios a los que quieres que acceda. En tu caso, quieres acceder al mismo servidor con dos usuarios diferentes, por lo que deberías tener dos juegos de líneas.
El código consiste en cargar una matriz asociativa de servidores. Si te fijas en lo que ya tienes...
Código PHP:
$i++;
/* Authentication type */
$cfg['Servers'][$i]['auth_type'] = 'config';
$cfg['Servers'][$i]['host'] = 'localhost';
$cfg['Servers'][$i]['connect_type'] = 'tcp';
$cfg['Servers'][$i]['compress'] = false;
$cfg['Servers'][$i]['extension'] = 'mysql';
$cfg['Servers'][$i]['user'] = 'root';
$cfg['Servers'][$i]['password'] = 'contraseña';
En la primera línea se incrementa el índice de servidor ($i++; como empezó en 0, este será el servidor número 1) y se le cargan los valores...
Deberías añadir un servidor, es decir añadir un nuevo grupo de líneas debajo de las anteriores...
Código PHP:
$i++;
...
/* Segundo servidor */
$cfg['Servers'][$i]['auth_type'] = 'config';
$cfg['Servers'][$i]['host'] = 'localhost';
$cfg['Servers'][$i]['connect_type'] = 'tcp';
$cfg['Servers'][$i]['compress'] = false;
$cfg['Servers'][$i]['extension'] = 'mysql';
$cfg['Servers'][$i]['user'] = 'intranet_root';
$cfg['Servers'][$i]['password'] = '';
En este caso, $i se quedará con valor 2 y de esta manerá se cargarán los valores para el servidor numero dos.
MyAdmin emplea la configuraci´çon del primer servidor para la conexión inicial, cuando te aparece la pantalla de inicio. En esa pantalla, en la parte derecha arriba, debería tener un desplegable para poder escoger servidor. Si está todo bién deberían aparecer dos:
localhost(root)
localhost(intranet_root)
Selecciona el segundo y entonces te conectarás a MySql como 'intranet_root'
Con esto tendrás disponibles los dos usuarios...