Razones para no usar plantillas (templates)...

[AlZuwaga]

No estoy muy de acuerdo con el argumento de kaninox, por lo menos en cuanto a lo de plantillas se refiere... yo no he visto ni una línea de programación en ninguna plantilla, sólo código html y css (aunque tal vez algún que otro javascript, pero realmente no lo recuerdo).

Con ese argumento... bueno, no deberíamos tomar clientes que nos pidan la personalización de, por ejempo, un wordpress puesto que ahí si existe programación de terceros ¡y cuánta!

De todas formas, es lógico que si la maquetación fue hecha por uno mismo desde el inicio, sea más fácil identificar posibles problemas o hacer mejoras y modificaciones.
Pero yo no lo pondría como una razón para no usar una plantilla. Podría hasta resultar contraproducente (que el cliente piense que no tenés la pericia suficiente como para modificar código de otros)

Además de el tema de exclusividad dicho por webosiris, tu argumento inicial, marcelomdsc, me parece el mejor que se le puede plantear a un cliente.