Debes tener algo así:
Código:
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=9,0,28,0" width="550" height="400">
<param name="movie" value="ejemplo1.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<embed src="ejemplo1.swf" quality="high" pluginspage="http://www.adobe.com/shockwave/download/download.cgi?P1_Prod_Version=ShockwaveFlash" type="application/x-shockwave-flash" width="550" height="400"></embed>
</object>
Tenes que agregar:
Código:
<param name="wmode" value="transparent" />
Recorda que sólo el fondo se vuelve transparente.