El problema de los programas de limpieza/desinfección lo hemos sufrido todos: "limpian" más de lo que debieran...
Soluciones razonables que supongo ya habrás probado:
- restaurar sistema a fecha anterior a la "limpieza"
- comprobar si esos programas limpiadores disponen de un backup de los cambios que han hecho.
Si nada de eso sirve, lo usual es reparar la instalación de windows, maniobra bastante molesta pero a veces imprescindible.
Antes de proceder a tan drástica medida, y teniendo en cuenta que buena parte de los problemas que causan esos programas es su manía de desregistrar alguna que otra 'dll, te sugiero darle una pasada con el programa dial-a-fix
http://wiki.djlizard.net/Dial-a-fix (si no te sirve, no pasa nada; pero más de una vez me ha resuelto problemas irresolubles).