Con unlink debería funcionar perfectamente. Te paso un formulario para eliminar archivos y directorios que utilizo desde hace un tiempo, y funciona perfectamente:
  
Código:
 <form action="<?=$PHP_SELF?>" method="post" name="form1">
Borra archivos:
<input type='hidden' name='Sborrar' value='archivo'>
<input name="archivo" type="text" id="archivo">
<input name="boton" type="submit" id="boton" value="Enviar">
</form>
<form action="<?=$PHP_SELF?>" method="post" name="form1">
Borra directorios:
<input type='hidden' name='Sborrar' value='directorio'>
<input name="archivo" type="text" id="archivo">
<input name="boton" type="submit" id="boton" value="Enviar">
</form>
<?
if ($_POST["Sborrar"]=="archivo"){
	$archivo=$_POST["archivo"];
	unlink($archivo);
}else if($_POST["Sborrar"]=="directorio"){
	$archivo=$_POST["archivo"];
	rmdir($archivo);
}
?>
  Lo pones en el directorio donde estén los archivos (o en otro) y la dirección de, por ejemplo, una foto a borrar sería la siguiente: 
/foto1.jpg 
Y la cepilla de lo lindo. La ruta depende de donde coloques el archivo PHP que lleve el código. Prueba y ya me dirás qué tal.