Hola, los 2 lenguajes son apropiados, depende tu experiencia personal, yo opino que php es mas fácil aprender y menos complicado, además el servidor tambien pide menos requierimientos de hardware.
En cuanto a java, acuerdate que es toda aplicación java necesita una máquina virtual, lo que de por sí necesita mas requerimientos.
Sin embargo he escuchado que en aplicaciones web, java es una excelente opción.
Yo he desarrollado aplicaciones web en php y mysql y mi experiencia fue muy buena, aprendi rapido.
Con java me fue mal, es mas complicado de aprender pero, como te digo, depende tu experiencia programando.
Salu2
