Te puedo dar algunos consejos:
En primer lugar asegurate de usar y aplicar un DOCTYPE estricto. O por lo menos, uno de la versión 4 (de HTML) para arriba.
Muchas diferencias en la presentación se deben a que los diferentes navegadores (y no solo Firefox - IE) utilizan diferentes valores por defecto en sus estilos CSS, o los implementan de forma diferente.
Por ejemplo, los tamaños de los títulos pueden variar de navegador a navegador. O tal vez el sangrado de los elementos de lista, algunos lo implementan como margenes de los elementos de lista, pero en otro podrían ser "paddings" de los mismos elementos de lista o de la lista en si. Es conveniente "reinicializar" las reglas de estilos de esos elementos. (Opera usa estilos "extraños" en los elementos de formulario, por ejemplo)
Si tu problema parece escapar a estas recomendaciones, y parece no tener sentido, tal vez se deba a un bug. Busca en Internet si es un comportamiento conocido. (Te recomiendo
http://www.positioniseverything.net/)
Saludos.