Me respondo a mi misma, ya que lo conseguí solucionar:
Lo primero, conseguí que el IE inhabilitara el fondo por debajo del div modal colocando como background-image de la capa inhabilitar una imagen transparente. De esta manera, ya nada por debajo se podía pinchar. NO funcionó meter cualquier imagen y ponerla "transparent" en el CSS, parece que así no se deja engañar jeje
#inhabilitar {
position:absolute;
top: 0;
left: 0;
visibility: visible;
width:100%;
height:100%;
z-index:99;
border:1;
background-image: url("/img/transparente.gif");
background-repeat: repeat;
}
Mi segundo problema fue que IE no entiende los z-index de la misma manera(como bien empezasteis a sospechar). Hay muchas páginas que lo explican, la cuestión es que si quieres un elemento encima de otro en función del z-index en el Internet Explorer, lo mejor es que estén dentro del mismo contenedor, a la misma altura y cada uno con su z-index establecido. En mi caso tuve que llevar la ventana modal dentro del mismo contenedor donde está "todo lo demás", es decir, todo sobre lo que quería ponerme encima y quería dejar inhabilitado.
Una vez solucionado esto, descubrí que los select(los combo) ignoran el z-index en el Internet Explorer, y se colocan siempre por encima de TODO. Lo solucioné colocando un iFrame por encima de los combos. Esta solución está muy explicada por internet si buscáis algo tipo "IE bug z-index selects".
Y eso es todo, espero ahorrarle horas a alguien!!
Saludos a todos