Hola, estube viendo la pagina y no se si el problema sigue siendo el mismo o hiciste algunos cambios con lo que te dijeron. Se supone que dejar un "margen" blanco que cubre ambas capas, y en IE6 el margen derecho no se ve? ese es el problema cierto?
Si fuer asi, en la caja2 te falta especificar el margen derecho...
Otra forma mas practica de hacerlo, es que a la capa index aplicale este estilo
Código PHP:
padding: 10px;
Y quitale los margenes a la caja1 y caja2, de esta forma el "marco" lo dara el mismo contenedor y no las cajas.
Tambien, a la capa index aplicale
Código PHP:
overflow: auto;
Y quitale el alto que le tienes especificado. (claro, si tu pagina tiene un alto especificado no hagas caso a esto ultimo), ya que con ese atributo la capa contenedora crecera junto a las cajas.