Cuando hagas un select, usa date_format() de SQL (
http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/...on_date-format).
A la hora de insertar es donde mas problemas vas a tener. Ahora mismo no se si hay alguna forma de forzar a que entienda el formato que tu quieres. De todas formas no es dificil hacer una funcion que pase de dd-mm-yyyy a yyyy-mm-dd.
Yo trabajo internamente con el yyyy-mm-dd en el codigo, y luego a la hora de mostrarlo uso el date_format() si es necesario.