AbdelioR:
Considerando que una vez que tu usuario hace click en la pagina que toma el archivo, la subida no se puede detener.
Una salida es que deposites el archivo en un directorio temporal y con
$tipo = stristr($archivo,'.'); revisas el tipo:
if($tipo != ".p3t") { unlink el archivo y un mensaje a tu
usuario que ha subido un archivo no permitido y exit();.
Si cumple el requisito de ser del tipo .p3t,
entonces procedes a depositarlo en el directorio o direccion definitiva.
Saludos
Y espero ayude
Franco