Hola;
"¿Que puedo haber hecho mal?"
Hasta donde yo sé, 'register_globals' se configura a través del php.ini, desconozco si se puede hacer con .htaccess. Asegurate también que hayas subido correctamente ese archivo, ya que Windows por defecto no te deja crear un documento con esa extensión.
"¿Se podría aplicar este método para otros asuntos de configuración de php como tiempo máximo de ejecución...límite de uploads...etc?"
Para el máximo tiempo de ejecución existe una función en php,
set_time_limit() http://es.php.net/manual/es/function.set-time-limit.php. Para límite de uploads, me imagino que te refieres al tamaño del archivo a subir, yo configuro todo eso desde php.ini con upload_max_filesize, max_execution_time, register_globals.
¿Se puede aplicar una configuración distinta para diferentes carpetas dentro de un mismo sitio web?
Si se puede.
Existen servidores en los cuales te puedes configurar tu propio php.ini.
SALUDOS
Ruymán Trujillo