Hola
La verdad es que no se que puede estar ocurriendo, ya que acabo de crear un proyecto con dos textbox, en el evento LostFocus del primero he puesto:
Código:
Text1.Text = Format(Text1.Text, "##,##")
He introducido el número 15791226 y al pasar al textbox2 me lo formatea como 15.791.226
Haz la prueba a crear otro proyecto solo con dos textbox y haz la prueba, sino, pon parte del código que utilizas.
--Saludos--