Sobre relacionar tablas en MySQL

[Nova]

muchisisisimas gracias amigo gnzsoloyo, ya me quedo claro.
Bueno tenia esa pequeña duda, ya que hice un proyecto en MySQL para mi tesis y ahi dije que MySQL no adminte Llaves foraneas ya que estaba trabajando nada mas con el phpMyAdmin y ahi hice mi BD sin Llaves Foraneas, entonces yo relacioné la BD recien en cada formulario del sistema que desarrolle.
Si no es indiscresión te pediría por favor como podria sustentar una BD que no tiene relaciones en su creación sino que relacioné mediante codigo en el mismo sistema en si. Creo que meti la pata o no lo se pero porfa haber si puedes ayudarme
Gracias