Hola:
El iframe debe tener un name... y si es main, debes poner en los enlaces target="main", y si quieres enlazar con un script, puedes usar el método open y "main" como segundo parámetro (el primero la url), o con location.href, pero por delante el nombre da la ventana:
window.frames.main.location.href = "destino.html";
Saludos
