Se refiere a como tienes tus cabeceras y como envías la codificación, un ejemplo es:
Código PHP:
<?php header("Content-type: text/html; charset=utf-8"); ?>
Otro ejemplo (en HTML):
Código HTML:
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
Claro esto tiene que corresponder con que tu archivo este codificado en utf-8 también, y adicionalmente si usas bases de datos, que estas también utilicen utf-8.
Saludos.