Mas bien metelos dentro del if:
Código PHP:
foreach ($categorias as $categoria)
{
if( !empty( $categoria[0] ) ) {
echo "<h1>" . $categoria[0] . "</h1>";
}
if (count($categoria[1]) > 0)
{
echo "<ul class='sidemenu'>";
foreach ($categoria[1] as $subCat)
{
echo "<li><a href='index.php?mod=categoria&categoriaID=" . $subCat[0] . "'>" .
$subCat[1] . "</a></li>";
}
echo "</ul>";
}
}
Saludos.