Aca en Mexico los cajeros automaticos de Santander Serfin usan windows y siempre veo que tienen problemas, estan lentos, se traban o estan "fuera de servicio", aunque quizas si tenga que ver el sistema que utilize el banco.
Bueno muchas veces por no decir que la mayoria depende mas de las aplicaciones que corras en ese sistema operativo, es decir tienes que buscar muchos estudios sobre diferentes aplicaciones, pero para un estudio serio aca tienes un articulo que dice
Sitios web basados en Linux sufren menor tiempo de inactividad (quizas sea cosa entre IIS Y Apache)