Si me lo permites Eourus voy a corregirte un poco, también existe la posibilidad de cargar una sección sin usar frames o iframes, esta opción ha quedado obsoleta y completamente des-recomendada por el W3C.
A día de hoy y con los avances que se están consiguiendo se puede realizar esta tarea de
recargar una sección usando AJAX, aunque tiene el inconveniente de la Accesibilidad ya que requiere que el navegador soporte Javascript cosa que por lo que tengo entendido la versión de IE para las PDA's no lo hace.
Yo te recomiendo pues usar la segunda opción, creo que visto que Micro$oft está intentando comprar Opera para implantarlo de serie con sus SO's creo que este problema desaparecerá pronto. Ade+ esta segunda opción es más rápida (ya que sólo tiene q cargar el contenido que se va a modificar) y así se mejora la experiencia del usuario.
Por último también quiero añadir que es más facil mantener una página usando AJAX. Me refiero a que una modificación por ej del menú, sólo tendrás que hacerla en la página que tenga el menú.
Si optas por la primera opción y tienes una copia del menú para cada sección, cuando tengas que cambiar algo tendrás que buscar en todos los sitios donde aparezca dicho menú y modificarlo (con la consiguiente redundancia de información).
El problema principal repito es la accesibilidad, no sólo por los dispositivos sino también por el posicionamiento, recuerda que el Google Bot que rastrea las páginas no sabe como seguir los enlaces con Javascript, por lo que tendrás que tenerlo en cuenta y hacer la web 100% accesible con una alternativa para estos casos.
Salu2!