los float son elementos flotantes... si pones bajo de todo, antes de cerrar la capa padre un <div style="clear:both" veras como ya sale bien. Un saludo.
Código:
<div id="Contenido" style="display: block; border: 2px solid #000;">
<div style="float:left; width: 45%;">
<table>
<tr><td>blabla</td></tr>
</table>
</div>
<div style="float:right; width: 45%;">
<table>
<tr><td>blabla</td></tr>
</table>
</div>
<div style="clear:both"></div>
</div>