Tienes que buscar un programa capaz de convertir a formato MP4 AVC, es decir un archivo MP4 con codec de vídeo H.264. Por ejemplo SUPER o Nero Recode. Luego como reproductor te recomiendo éste:
http://www.jeroenwijering.com/?item=JW_FLV_Player Soporta tanto los FLV como los MP4.
