Hola
De momento estoy trabajando con dispositivos que tienen Windows CE 4.2, asi que puedes hacerlo con este o superiores
Cuando instalas el moviles SDK este agrega los tipos de proyectos que se pueden desarrollar al IDE de Visual Studio.
también puedes visitar
http://foro.todopocketpc.com/ donde encontraras foros especializados en desarrollo para dispositivos móviles.
Saludos
