No es difícil lo que pides...
Código PHP:
// variable
$var = "12,46";
// Utilizamos explode() para separar la cadena en un array...
$var_exp = explode(',', $var);
// Recogemos los valores...
echo $var_exp[0]; // Imprimirá 12
echo $var_exp[1]; // Imprimirá 46
Espero te haya servido =). Nos vemos.