Optimizacion de servidor:

[WebTech]

/etc/my.cnf (archivo de configuración de MySQL) no esta optimizado, como bien comentan, está como viene de "fábrica". Pero no es el único punto importante a optimizar, deberías considerar optimizar Apache, PHP, resto de los servicios, y kernel del sistema también, con lo que podrías sacarle el máximo rendimiento al mismo.

Verifica que no hayan errores de programación en las aplicaciones que corres también, ya que un script mal programado puede afectar considerablemente el rendimiento del sistema.

Si no tienes los conocimientos para optimizar el sistema debidamente, te sugeriría contratar a un sysadmin que haga el trabajo por ti.

Saludos,