puedes hacer que el ie te tome un css extra, pero no que no te tome el css "general"..
osea, lo tenes que usar así:
Código HTML:
<link rel="stylesheet" href="estilos.css" type="text/css" />
<!--[if lt IE 7]>
<link rel="stylesheet" href="ie6.css" type="text/css" />
<![endif]-->
<!--[if IE]>
<link rel="stylesheet" href="ie.css" type="text/css" />
<![endif]-->
estilos.css - te lo toman todos los navegadores
ie6.css - te lo toman todos los IEs menores a la ver. 7 (osea, ie6, ie5, etc)
ie.css - te lo toman todos los ies
así que Firefox te toma solo estilos.css en cambio ie6 te toma estilos.css, ie6.css e ie.css, uno detrás del otro como si fueran todos un solo archivo