Tendrías que encapsular toda tu tabla en un <form>, en el action le pones la pagina PHP que se encarga de borrar y rescatas tus datos como $_POST['checkb'], ahí por cada valor de tu checkb haces un DELETE o usas la sentencia:
Código:
DELETE FROM `tabla` WHERE `pkey` IN ( 1, 2, 3 )
Saludos.