No he escuchado lo de mayor seguridad usando rutas absolutas, pero lo que puedes hacer es trabajar con rutas relativas y cuando subas tu sitio pones antes de cerrar el header
Código HTML:
<base href="http://www.tusitio.com" />
Así tus rutas relativas quedan con la base de tu sitio, pero solo hazlo cuando subas el sitio, no antes.
Te aseguro que es la forma mas común de trabajar, y lo que dices de mayor seguridad usando rutas absolutas investígalo bien o mira si la fuente donde lo leiste es confiable, porque no creo que sea cierto.
Saludos