Una ventaja es que puedes restaurar/respaldar a nivel de filegroup, cosa que puede ser útil en caso de DB grandes.
Otra cosa más es en caso de que escasee el espacio, o que quieras hiperoptimizar el acceso a tu DB. En un filegroup usas un disco rápido para los datos de acceso frecuente y en un disco lento los datos de poco movimiento (históricos). O bien, en un RAID optimizado para escrituras los datos de movimiento y en un RAID especializado en lectura los datos de poco movimiento.
Cita: Esta tabla pertenecería a otra "area" por decirlo así. Entonces al hacer el select, hay un join, y los datos estarían en dos filegroup diferentes. Supongo que en ese caso se perdería performance, invalidando el objetivo principal del filegroup.
Eso no afecta a los filegroups. Eso se da en el caso de diferentes DB, pues se hacen comprobaciones de collation y no tienes monerías como integridad referencial entre ellas.